一、病原体
病毒感染和细菌感染的病原体不同，这也是两种感染最根本的区别，其中病毒感染的病原体是病毒，例如流感病毒、新型冠状病毒、乙肝病毒、天花病毒等；细菌感染的病原体是细菌，例如白色念珠菌、大肠杆菌、肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌等。
二、临床表现
病毒感染和细菌感染的临床表现不同，例如病毒感染一般不会引起脓肿、淋巴细胞增多、C-反应蛋白正常或轻度升高；细菌感染常引起脓肿、中性粒细胞增多、C-反应蛋白明显增高，但这也不是绝对的，必须集合临床检测详细鉴别。
三、传染性
病毒感染和细菌感染的传染性不同，其中病毒感染的传染性相对较强，源于病毒颗粒特别微小，更容易导致聚集性传染；细菌感染的传染性相对较弱，但若与感染者密切接触且未采取防护措施也极易交叉感染。
四、自限性
病毒感染和细菌感染的自限性不同，其中病毒感染具有很强的自限性，往往不需要额外针对病毒进行治疗，主要依靠自身的免疫力进行调节，有些病毒感染可能需要结合抗病毒治疗；细菌感染具有一定的自限性，但有些细菌感染容易慢性化，建议积极应用抗菌药物进行治疗。
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